El interés por la protección de este ecosistemas es de carácter nacional por lo cual está dentro de la prioridades de conservación de Parques Nacionales Naturales de Colombia y de Corporinoquia que ha venido participando del proceso por estar en área de influencia de su jurisdicción.

Mediante una reunión convocada por la dirección general de Parques Nacionales Naturales de Colombia realizada en la ciudad de Bogotá se busca la declaratoria del ecosistema del Estero de Lipa mediante la implementación de recursos propios y estrategias de participación con Corporinoquia, Secretaría de Agricultura y Medio Ambiente de la Gobernación de Arauca en la que se está proponiendo la delimitación como Parque Nacional Natural a la totalidad del Estero.

En la actualidad el ecosistema ha tenido una fuerte presión que ha acelerado el debilitamiento del estero en especial por la empresa Occidental de Colombia mediante el proyecto petrolero Chipiron TB y que ha generado inconformismo entre la comunidad y los mandatarios locales principalmente los alcaldes y concejales de los municipios de Arauca y Arauquita la cual es la zona de influencia principal del Estero de Lipa.

Debido a la carencia de información sobre El Estero del Lipa, Parque Nacionales Naturales de Colombia se encuentra adelantando un trabajo de caracterización y Corporinoquia ha venido contribuyendo al proceso con información basada en la caracterización físico – biótica (estado actual de la flora y fauna del ecosistema) y el estado de la propiedad privada debido a la ocupación de comunidades en este territorio y la influencia de la industria petrolera que hay sobre el ecosistema.

Aunque la información suministrada por Corporinoquia no es actualizada, esta sí evidencia que el estado del ecosistema se encuentra afectada por impactos principalmente en la reducción de la calidad del recurso hídrico y la tala del bosque alrededor del humedal para el establecimiento de asentamientos humanos y compañías petroleras.

De esta forma la iniciativa que requiere de la participación de Corporinoquia por ser la autoridad ambiental regional que cumple la función de avalar y delimitar la posible zonificación, pero también de los entes gubernamentales y ongs, buscar blindar el ecosistema con una declaratoria de Parque Nacional Natural en un periodo de un año por lo cual hay que apropiar lo recurso rápidamente, realizar el proceso de declaratoria y llevarlo a nivel nacional para que sea aprobada.